Kaum Islam pertama di Panama adalah hamba-hamba Afrika dari suku Mandinka, yang dibawa oleh orang Sepanyol untuk mengerjakan lombong emas pada 1552.[2] Orang Mandinka adalah Muslim, dan pengimportan mereka dilarang oleh undang-undang Sepanyol namun tetap dilanggar. Sekumpulan daripada 500 yang tiba di pantai Atlantik Panama pada 1552, melarikan diri dari sebuah kapal tenggelam. Mereka memilih seorang yang bernama Bayano (Vaino) sebagai pemimpin mereka dalam perang melawan penjajah. Mereka membentuk dewan, dan masjid di daerah yang sekarang dikenali sebagai Darien, San Miguel, San Blas dan daerah sepanjang Sungai Bayano, dinamakan Bayano. Bayano diperolehi gencatan senjata dengan gabenor kolonial Panama, tetapi Komander terkenal Pedro de Ursua berjaya menangkap pemimpin gerila, yang dihantar ke Peru dan kemudian Sepanyol di mana ia meninggal. Setelah kematian Bayano itu, pelbagai usaha dilakukan untuk menghancurkan jejak Islam selama tempoh di Panama. Tidak ada sejarah sebagai apa yang terjadi pada Muslim yang tetap tinggal di Panama, dan buku-buku sejarah sebahagian besar telah dikeluarkan warisan Islam Bayano.